El Gobierno del Presidente Duque bloqueó el trámite de uno de los principales compromisos asumidos con la población indígena. A la fecha, los resguardos indígenas reciben el 0.5% del Sistema General de Participaciones (SGP). En 2016, el Ministerio del Interior prometió que ese porcentaje subiría al 1% y esa modificación se incluiría en la reforma al SGP. Por desacuerdos con el magisterio, que también demandaba un aumento en el reparto, la presentación de la legislación se pospuso y solo se mandó a Congreso una semana antes del fin del periodo presidencial.

La exposición de motivos explicó los acuerdos con los indígenas así:

En octubre de 2018, sin bulla alguna, el Gobierno de Duque retiró el proyecto presentado, pero no tomó medidas para renegociar los compromisos adquiridos o informar a las poblaciones involucradas. Así las cosas, la exigencia del 1% de participación en el SGP constituye hoy uno de los principales reclamos de los indígenas en el Cauca.